Desktop eroaa muista lukijatyypeistä siten, että siinä on pidike korttitunnisteelle. Tätä voi hyödyntää valitsemastasi lukijateknologiasta riippuen eri tavoilla. Desktop yhdistyy tietokoneeseen USB-liitännällä, joten voit ohjelmoida sillä tunnisteita PC-sovelluksessa.
Korttipidikkeellinen lukija toimii hyvin sovelluksissa, joissa kortin asettaminen pidikkeeseen käynnistää jonkin toiminnon. Näitä ovat esimerkiksi energiansäästöön tähtäävät hotellisovellukset, joissa valaistus toimii huoneessa vain silloin, kun asukkaan ovikortti on paikoillaan pidikkeessä. Desktop-lukijaa hyödynnetään myös suurissa ajoneuvoissa tai erikoisosaamista vaativissa työkoneissa. Niissä kone voidaan käynnistää vain, kun käyttöoikeudet sisältävä tunniste on paikallaan lukijassa.